次世代高通量 (NGS) 定序服務辦法
 

 

 

次世代核酸定序(NGS)服務辦法:

一、次世代定序(Next Generation Sequencing)是新的高通量核酸定序技術,本中心使用illumina NovaSeq 6000平台。目前提供本院服務:
 
  1. DNA部分:
    • Whole Genome Sequencing (WGS)
    • Whole Exome Sequencing (WES) – Human
    • Target Sequencing by TSO500
  1. RNA部分
    • Strand-Specific mRNA sequencing
    • rRNA depletion RNA-sequencing
    • Exome RNA sequencing
  1. Sequencing only
 
 

 
二、送件須知:
 
WGS(human)
■ DNA的質與量:
*gDNA樣本,樣本總量至少需2ug, 樣本濃度需大於60ng/μl(以Qubit數值為準)
*溶於TE buffer(10 mM Tris-Cl, pH 8.0. 1 mM EDTA) 或Tris Buffer (eg.10mM Tris-HCl at pH 8.0-8.5)
*260/280=1.8-2.0;260/230> 1.7。
■ 送樣時請附上1%電泳圖,確認genomic DNA無degradation造成的smear或是未去除的RNA。最好註記DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
■ 定量DNA時Nanodrop 或其他UV 吸收光譜儀會受到 ssDNA, RNA and oligos的干擾,常會高估樣本濃度,建議以Invitrogen的Qubit螢光定量, 最好能採 PicoGreen 法定量樣本濃度。
 
WES(human)
■ DNA的質與量:
*gDNA樣本,樣本總量至少需2ug, 樣本濃度需大於60ng/μl(以Qubit數值為準)
*溶於TE buffer(10 mM Tris-Cl, pH 8.0. 1 mM EDTA) 或Tris Buffer (eg.10mM Tris-HCl at pH 8.0-8.5)
*260/280=1.8-2.0;260/230> 1.7。
■ 送樣時請附上1%電泳圖,確認genomic DNA無degradation造成的smear或是未去除的RNA。最好註記DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
■ 定量DNA時Nanodrop 或其他UV 吸收光譜儀會受到 ssDNA, RNA and oligos的干擾,常會高估樣本濃度,建議以Invitrogen的Qubit螢光定量, 最好能採 PicoGreen 法定量樣本濃度。
 
RNAseq & Exome RNAseq
■ RNA的量:
*≧5ug of total RNA, concentration>0.2ug/ul
■ RNA的品質:
*RIN>7, rRNA ratio>1.5
*OD260/OD280 1.8~2.2 OD260/OD230≧1.5
■ 取樣時須注意:
 
*收細胞時勿用PBS wash及 Trypsin處理,請直接使用Trizol
*細胞樣本要避免含有細菌DNA(被細菌黴漿菌污染)
*為避免genomic DNA殘留,請以DNase處理檢體
 
 
三、收費
Note: 本單位規格以輸出總數據量為主,請自行評估實驗樣本所需之數據量或來電諮詢。 
 
RNA Seq
 
 
 
1. RNAseq樣本QC檢測費:院內RNAseq每個樣本每次收費280元。收費比照微陣列核心實驗室之RNA品質檢定標準。急件處理採整片晶片收費(2240元/12個樣本)
 
2. RNA Exome Sequencing
*特殊樣本(FFPE or rar sample)定序狀況不同以及pooling處理狀況不同,無法保證上述規格表內的各項規格。
*因樣本處理需做最多4個樣本(or less)pooling,我們能確保樣本pool上機後可以拿到total pool samples x 預定規格(ex.40M) 的結果,但無法保證每一樣本可以平均分配到其預定規格(ex.40M)以上。 
 
3. NGS實驗:院外大量或院內收費標準請與本中心服務人員來電諮詢
          蘇先生 E-mail:seqcore@nhri.edu.tw  TEL:037-206166轉33705

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

公告日:2017/09/01





◆地址:苗栗縣竹南鎮350科研路35號 ◆Tel :037-246166 ext.33705 ◆Fax:037-586674  ◆Mail:seqcore@nhri.org.tw
Copyright © 2010 核心儀器設施中心 核酸定序核心實驗室 實驗室管理與操作者:蘇特立(分機:33705)。