三代高通量定序服務
 
 

本中心使用PacBio技術平台,目前提供本院以下服務:
 
DNA部分:
  1. V1-V9 16S-sequencing
  2. Human Structure Variation Sequencing
  3. De Novo Assembly – Human
RNA部分:
  • Isoform Sequencing (IsoSeq)

SMRT Cell Sequencing only

  

服務收費
 
 
 

 樣本允收標準
 
  V1-V9 16S-seq
  1. gDNA樣本總量至少需150ng , 樣本濃度需大於 10ng/μl,溶於Tris buffer,260/280=1.8-2.0, 260/230>1.7DNA 定量以Qubit 為準。
  2. 送樣須隨附上電泳圖,並註記 DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
  3. 每一個樣本分別放置於 1.5 ml tube,且以 parafilm密封管口,避免外漏或污染,並附上樣本清單。
Human structure variation sequencing
  1. gDNA樣本總量至少需10 ug樣本濃度需大於 100 ng/μl,溶於Tris buffer,260/280=1.8-2.0, 260/230>1.7DNA 定量以Qubit 為準。
  2. 送樣須隨附上電泳圖,並註記 DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
  3. 每一個樣本分別放置於 1.5 ml tube,且以 parafilm密封管口,避免外漏或污染,並附上樣本清單。
De Novo Assembly(human)
  1. gDNA樣本總量至少需15 ug , 樣本濃度需大於 100 ng/μl,溶於Tris buffer,260/280=1.8-2.0, 260/230>1.7DNA 定量以Qubit 為準。
  2. 送樣須隨附上電泳圖,並註記 DNA萃取或濃縮之方法以資參考。
  3. 每一個樣本分別放置於 1.5 ml tube,且以 parafilm密封管口,避免外漏或污染,並附上樣本清單。
RNA Iso-seq

  1. RNA樣本總量至少需1 ug , 樣本濃度需大於 50 ng/μl,溶於Tris buffer,RIN>7。RNA 定量以Qubit 為準。
  2. 送樣須隨附上電泳圖,並註記 RNA萃取或濃縮之方法以資參考。
  3. 每一個樣本分別放置於 1.5 ml tube,且以 parafilm密封管口,避免外漏或污染,並附上樣本清單。
SMRTCell sequencing run

  1. library濃度>5nM, 體積至少5ul, 溶於elution buffer 每批次一管pooled libraries.
  2. 送樣須隨附上電泳圖以確認libraries insert size分布或有否未去除的primersDNA 定量以 Qubit 為準。
  3. 由使用者提供pooled libraries壹管並指定上機濃度。
  4. 每一個樣本分別放置於1.5 ml tube,且以 parafilm密封管口,避免外漏或污染,並附上樣本清單。

PacBio服務規格:

31-34. V1-V9 16S-seq, 8000-10000 reads/per sample,

   單次送樣介於12-96 sample服務:
 
建庫型式\Library type: SMRTbell Library
 
定序模式\Sequencing format: Single Molecule, Real-Time (SMRT)
 
數據產量\Output: 8000-10000 reads(per sample)
 
數據輸出格式\Data Output: Reads.bam
 
數據分析\Data Analysis: 基本型分析:
    1.ASV(Amplicon Sequence Variant)
    2.Alpha/Beta diversity
    3.Rarefaction curve
    4.Sequencing QC reported by sample
 
數據資料保存: 提供三個月免費的分析數據儲存

 PACBIO人類基因體結構變異定序服務

35. Human structure variation sequencing, 90G, 2 samples pack
  建庫型式\Library type: SMRTbell Library
 
定序模式\Sequencing format: Single Molecule, Real-Time (SMRT)
 
數據產量\Output: >=90G raw data
 
數據輸出格式\Data Output: Subreads.bam
 
定序品管\Sequencing QC: Sequencing QC report
 
數據資料保存: 提供三個月免費的分析數據儲存
 

PACBIO HiFi基因體組裝定序服務

36. De Novo Assembly(human), 30-40G服務:
  建庫型式\Library type: SMRTbell Library
 
定序模式\Sequencing format: Single Molecule, Real-Time (SMRT)
 
數據產量\Output: 30-40G raw data
 
數據輸出格式\Data Output: Reads.bam
 
定序品管\Sequencing QC: Sequencing QC report
 
數據資料保存: 提供三個月免費的分析數據儲存
 

 PACBIO全長轉錄本定序服務

37. RNA Iso-seq, 3 samples pack服務:
  建庫型式\Library type: SMRTbell Library
 
定序模式\Sequencing format: Single Molecule, Real-Time (SMRT)
 
數據產量\Output: 500,000 read/per library
 
數據輸出格式\Data Output: Reads.bam
 
定序品管\Sequencing QC: Sequencing QC report
 
數據資料保存: 提供三個月免費的分析數據儲存
 

PACBIO Sequel run service定序服務

38. SMRTCell sequencing run服務:
  定序晶片\Reagent Type: Sequel II Sequencing Kit
 
定序模式\Sequencing format: Single Molecule, Real-Time (SMRT)
 
數據產量\Output: 15-20G per SMRT cell
 
數據輸出格式\Data Output: Reads.bam
 
定序品管\Sequencing QC: Sequencing QC report
 
數據資料保存: 提供三個月免費的分析數據儲存

 

 

PacBio實驗:院外大量或院內收費標準請與本中心服務人員來電諮詢

蘇先生 E-mail:seqcore@nhri.edu.tw  TEL:037-206166轉33705

 

 

 

 

 

 

 

 

公告日:2021/08/13





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